樣品的預(yù)處理：在原子力顯微鏡下看樣品表面是否干凈，平整，如果有污染或不平整，務(wù)必重新制樣。雖然針尖能測試的有效高度為6微米，水平范圍100微米。但事實上，水平和高度方面任接近何一個J限，所測得的圖象效果將很差，且針尖很容易破壞和磨損。
下針：在選好模式下針前，務(wù)必找到樣品表面，調(diào)好焦距。掃描范圍先設(shè)置為0，當(dāng)針尖接觸到樣品表面后，再擴大掃描范圍，保護下針時破壞針尖。
掃圖：為了得到好的圖象，須調(diào)好trace和retrace，一般來說調(diào)電壓效果會好一些。探針在多次使用后或樣品表面比較粗糙，掃描范圍太小時，trace和retrace重合會比較困難，可以增大掃描范圍或?qū)悠泛娓珊笤贉y。測試時應(yīng)保持安靜，空調(diào)等低頻噪音也會影響測試;如果環(huán)境太吵，可以降低圖象分辨率，減小外界的影響，或降低掃描頻率。
Integral gain和 Proportional gain：反饋系統(tǒng)的兩個增益值主要用來設(shè)定探針的反饋能力。適當(dāng)提高I gain和P gain的值以提高系統(tǒng)的響應(yīng)性，但是這兩個參數(shù)不宜過高，否則會使掃描器振蕩，致使圖像出現(xiàn)失真。